某公司薪酬模式是基本工资+绩效工资，绩效工资由上一季度考评结果而定，后一季度每月薪酬发放额度为每月基本工资+上季度绩效工资。公司仓库管理部门主管由于5月份监守自盗被公司发现，而被开除，为此，公司扣除了仓管部所有员工的绩效工资作为惩罚（公司没有邮件通告）。6月7日，仓管部门一员工离职，6月中旬收到公司发放的工资少了绩效工资，公司不同意补发，该员工情绪激动，坚持以不知情，监守自盗不关她的事情，没理由要扣她的绩效工资为由，说要告公司。请问作为HR该如何处理？